2005年
  清华源兴药业被评为深圳市高新技术企业。
 “注射用苦参素”、“马来酸氟伏沙明片”、“注射用奥美拉唑”获药品注册批件。
 纳米银医用敷料获医疗器械注册证。
 纳米银妇女外用抗菌器获“广东省重点新产品”、“深圳市科学技术进步三等奖”、“深圳市高新技术产业化示范工程项目”等荣誉。
 博尔宁胶囊、纳米银医用抗菌敷料、盐酸哌罗匹隆、枸橼酸铋雷尼替丁、治疗心脑血管疾病新药三花粉针剂等五个项目获第四届“深圳企业新纪录”荣誉称号。清华源兴共十八个项目获此殊荣。

 2006年
 抗肿瘤中药博尔宁、抗抑郁药马来酸氟伏沙明获深圳市科学技术成果认定。
 截止目前共获74个商标注册证。
 截止目前，公司在重组腺病毒、基因治疗、抗肿瘤、纳米银、化学/天然药物等多个领域申请了70余项专利。